总投资大，运行成本高，尽管国家给予了电价优惠政策，但从盈利水平看还不如常规火电。主要原因有：一是单位造价高，目前单位造价为1万元左右/千瓦，是常规火电单位千瓦造价的2倍以上；二是燃料成本高，电价成本中的燃料成本约为0.4元/千瓦时，远高于燃煤发电，但秸秆的收购价格又不能随便降，因为要惠农，要践行工业反哺农业的承诺，就理应让农民得到更多的收益；三是生物质发电项目执行与传统发电行业一样的税收政策，而且生物质发电企业增值税进项抵扣操作困难，企业实际税率约为12%，高于常规火电6%—8%的实际税率，也高于小水电3%的税率。根据《可再生能源法》等法律法规，农林废弃物生物质发电应享受财政税收等优惠政策，但相关政策和措施尚未出台。
　　正如中国可再生能源学会秘书长孟宪淦在接受记者采访时说，解决这个问题，首先要有政策的推动。“生物质发电等可再生能源发电就像一个刚出生的婴儿，需要全社会在电价问题上给予支持，最根本的是实行上网电价分摊制度。”
　　在采访许多业内专家后，记者概括了促进生物质发电的政策建议：
　　（一）建议加大对生物质发电的政策支持力度。建议国家有关部门根据项目的投资和运营成本，合理调整生物质发电的上网电价。同时，加快出台有利于促进生物质发电发展的财政税收政策，例如税收减免、财政补贴、贴息贷款等。建议国家将生物质发电列入可再生能源发展专项资金重点扶持范围。建议按照《关于企业所得税若干优惠政策的通知》的有关规定，给予生物质发电企业3年-5年所得税免征的优惠；各省(自治区、直辖市)农机部门应将生物质发电燃料收储运相关设备纳入农机补贴计划。
　　（二）建议加强规划指导和项目管理。国家以及各省应根据区域总体规划及生物质能资源分布特点，在资源评价和环境评估的基础上，结合当地经济社会发展情况，结合农业生产和农业发展规划，制定生物质能发展规划，促进生物质能产业健康有序发展。同时要加强项目管理，完善技术标准、检测和认证体系。严格市场准入制度，提高市场进入的技术和资金门槛，强化技术监督，优化产业结构，防止“一哄而上”。
　　（三）建议完善生物质能利用产业链。加大科研投入，促进技术进步。建议国家有关部门重点支持研究开发适合于生物质燃料收集、加工、储存、运输的装备，支持重点锅炉制造企业提升设备制造能力和工艺水平。完善生物质能利用相关的产业标准体系建设。支持相关领域的人才培养。

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