大多数植物都可用来做沼气池的原料，但并非所有植物都可以入池。如：核桃叶、银杏叶、猫儿眼、黄花蒿、臭椿叶、泡桐叶、水杉、梧桐叶、断肠草、烟梗、辣椒叶等应严禁入池，因为它们中含有抑制或杀死甲烷菌的成分。同样，沼气池内更不能用农药、柴油、电石。否则，会造成池内长期不产气。另外，豆饼、花生饼、棉子饼等在空气不足的情况下，会产生一种磷化三氢，这是一种有毒的气体，不仅对甲烷细菌不利，而且人畜接触后容易发生中毒，故此类麸饼也严禁入池。

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