各种农业生产的剩余物，如猪、马、牛等家畜与家禽饲养场的粪便等；各种农作物秸秆、稻壳等；以及农产品加工的废水，如酒精、丙酮丁醇、味精、柠檬酸、淀粉、豆制品等生产的废水。这些都是良好的沼气发酵原料。此外，城市有机垃圾及生活污水也可作为沼气原料进行厌氧消化处理。沼气发酵原料既是产生沼气的底物，又是沼气发酵细菌赖以生存的营养来源。
   按照物理形态，沼气发酵原料分为固态原料和液态原料两类；按照营养成分又有富氮原料和富碳原料之分。
   富氮原料通常指氮元素含量高的原料，如人、畜和家禽粪便。这类原料经过了人和动物肠胃系统的充分消化后，一般颗粒细小，含有大量低分子化合物——人和动物未吸收消化的中间产物，含水量较高。因此，在进行沼气发酵时，原料无需进行预处理，就容易厌氧分解，产气速度很快，发酵周期较短。
   富碳原料通常指碳元素含量高的原料，如秸秆和稻壳等农作物的残余物。这类原料富含纤维素、半纤维素、果胶以及难降解的木质素和植物蜡质。干物质含量比富氮的粪便原料高，且质地疏松，相对密度小，进沼气池后容易漂浮并形成发酵死区——浮壳层，原料发酵前一般需经预处理。富碳原料厌氧分解比富氮原料要慢，产气周期较长。
 

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